Una vez efectuado el diagnóstico se debe iniciar una dieta libre de gluten a lo largo de toda la vida. Esta permite que la alergia intestinal desaparezca recuperándose las vellosidades intestinales y las funciones de absorción del intestino. 

​

Se deberán añadir suplementos alimentarios, vitaminas y minerales durante las primeras fases de recuperación. Solo es necesario mantener una dieta libre de gluten de por vida